東京殘響

二戰後日本戰敗，日本軍隊因而解散，根據日本國憲法第九條（即《和平憲法》）日本從此放棄戰爭、不維持武力、不擁有宣戰權。隨後以國家自保為目的的日本自衛隊成立。1960年1月19日，美國與日本簽訂了美日安保條約，其中根據第六條，美國能將一些軍隊駐紮在日本。

日本政府為了爭奪國家主權脫離美國的控制，秘密進行修憲，秘密地製造了微型原子彈。並派遣一些高層人員參加雅典娜計劃（新進和平塾，用新研發特殊藥物訓練5歲以下高智商兒童，使之成為人工學者綜合症），但計劃失敗，政府隱瞞了此計劃，從此便不再提及此計劃。

計劃失敗後十餘年後，在青森的核廢料處理設施中，有兩人闖入其中搶走了本要處理的「鈽」（但實際上是故事中虛構的日本政府違憲秘密製造的原子彈），其中一人用噴漆在地板上留下了「VON」（冰島語中「希望」的意思）字樣，之後兩人一同逃出設施。

半年後，暑假即將開始前的夏日裡，先前不明身份的兩人化名為九重新（其中九代表9）的9與久見冬二（日語中「冬」與10讀音相同，二則指2）的12以轉校生的名義來到一所高中，但不久又離開，期間他們在一棟大樓製造了恐怖襲擊事件，並以此為某一計劃的開始。之後兩人開始以斯賓克斯（スピンクス）為名，在城市製造炸彈襲擊事件向他們所憎恨的已終止進行的「雅典娜計劃」的策劃者及執行者復仇。

主要人物

NINE／九重新（ナイン／九重 新（ここのえ あらた），聲優：石川界人

本作品的主人公。頭腦清晰、處事沈著冷靜的男子高校生。１７歲。經常配戴著深紺色粗框眼鏡。曾被理沙形容眼神像冰一般。是一個抖S（TWELVE對理沙說的）。

在青森縣的核燃料再處理設施中與TWELVE合謀，搶奪日本政府秘密開發的小型原子爆弾鈽。並在半年後，作為一個高中生開始在東京生活。實際目的是方便進入東京都廳進行爆炸計劃。

是「雅典娜計劃」的實驗體之一。8年前與TWELVE在「租界」放火，。

TWELVE／久見冬二（ツエルブ／久見 冬二（ひさみ とうじ），聲優：齊藤壯馬

本作品的另一位主人公。與NINE同為轉校生。17歲。個性純真，擁有太陽一般的笑容。視NINE為哥哥般所尊敬/憧憬著，兩人經常一起行動。

記憶力十分優秀，暗中已記下同班同學的名字與容貌，駕駛機車與雪上摩托車的技術不差。

擁有稱為「聯覺」的感官現象，即是聽到聲音便會看到某種顏色。

「雅典娜計劃」的實驗體之一。8年前與NINE在「租界」放火，並於保安系統出現問題的時候，趁機從「租界」逃走了。但據悉，即使能夠生存下去，也不會有多少年壽命。

最終話時被前來的美軍狙擊而亡QAQ 虐阿阿阿阿!

三島理沙（三島 リサ（みしま），聲優：種崎敦美

單純、有點笨手笨腳，與NINE和TWELVE在一所學校上學。在學校受欺負，家庭內部也有問題，造成了自己沒自信的個性。

在遇到TWELVE後，她的命運發生了巨大的變化，後成為NINE和TWELVE的夥伴，是NINE和TWELVE存活於世的見證者和精神傳承者。與NINE和TWELVE相知相惜，生死瞬間被TWELVE所救。

貌似並不擅長烹飪。曾於第５話，被NINE和TWELVE批評料理的味道為「很難吃」、「不是給人吃的」。

TWELVE稱理沙的聲音是「淺黃色」的，感覺很特別的，因為擁有這種顏色的人並不常見。

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